Här pågår jakten på omikron – i ditt avloppsvatten
Publicerad 2021-12-12
Toalettbesök = coronaforskning?
Det kanske låter osannolikt men med hjälp av avloppsvattnet hoppas forskare få svar på hur länge virusvarianten omikron har funnits i Sverige.
– Vår förhoppning är att vi ska ha ett svar innan jul, säger miljömikrobiologen Anna Székely.
Att något så basalt som att gå på toaletten kan bidra till viktiga framsteg i arbetet med att förstå coronaspridningen låter kanske konstigt.
Men faktum är att analyser av avloppsvatten från reningsverk runt om i landet har varit ett viktigt verktyg i att kartlägga smittspridningen av coronaviruset under pandemin.
Något som har varit till stor nytta, enligt Anna Székely, miljömikrobiolog vid Sveriges lantbruksuniversitet, SLU, där proverna analyseras.
– Även om vi inte har haft ett jättestort försprång så har vi ändå kunnat identifiera olika trender och klusterutbrott och därmed kunnat förutse exempelvis ökningar av sjukhusinläggningar.
16 nya fall
På torsdagen uppgav Folkhälsomyndigheten att totalt 16 fall av den nya virusvarianten omikron hittills har konstaterats i Sverige.
Tillsammans med sina forskarkollegor hoppas Anna Székely nu kunna ge svar på hur länge varianten har funnits i Sverige.
– Vi har en bra metod för sekvensering av avloppsvatten och har precis inlett arbetet med att börja leta efter omikron med den metoden.
Avloppsvattnet som studeras är från de senaste månaderna och kommer från bland annat Uppsala, Örebro och Kalmar.
Proverna från reningsverket samlas in under 24 timmar så att de ska representera hela dygnet.
”Alla går på toaletten”
I jakten på omikron filtreras först avloppsvattnet, och därefter utvinns virusets genetiska material, så kallat RNA, som sedan analyseras genom så kallad sekvensering.
Sekvensering innebär att man studerar virusets genetiska sammansättning för att se om man hittar de mutationer som exempelvis kännetecknar omikronvarianten.
– Det finns jättemånga mutationer på coronaviruset, men vår metod är så pass bra att vi med största sannolikhet kommer att kunna säga att det är omikronvarianten om den finns i någorlunda mängd, säger virusforskaren Maja Malmberg.
Förutom att sekvensera avloppsproverna gör forskargruppen även så kallad kvantifiering.
– På så sätt kan vi varje vecka se hur mycket coronavirus det finns i avloppsvattnet, medan sekvenseringen säger oss vilken variant det är.
Fördelarna med att studera just avloppsvatten är många, enligt både Maja Malmberg och Anna Székely.
– Alla som går på toaletten bidrar till detta och om det stämmer att omikron ger mildare symtom så kan vi upptäcka smittade som kanske får så pass milda symtom att de inte testar sig.
– Även om vi inte kan se exakt hur många som är smittade så kan vi se på mutationerna om de ökat de senaste veckorna.
Som ett helt bibliotek
Nackdelar är att det kan vara svårt att upptäcka en variant om väldigt få personer har den.
– Om det bara är tre personer i Uppsala som har omikron just nu så är sannolikheten att vi lyckas hitta det i avloppsvattnet väldigt liten. Därför blir det vagt i början när en mutation är på väg upp, säger Maja Malmberg och tillägger:
– Men den sekvensering vi gjorde i september visade inga tecken på omikron så jag tror inte att den har funnits i Sverige särskilt länge.
Avloppsproverna, som förhoppningsvis kan ge svar på när omikron kom till Sverige, har nu lämnats över till kollegor på Scilifelab vid Uppsala universitet då de har större kapacitet för sekvensering.
En så kallad körning i sekvenseringsapparaten ger enligt Maja Malmberg ”väldigt mycket data”.
– Om du tänker på alla bokstäver som finns i alla böcker på stadsbiblioteket så har du en liknande mängd information som vi får ut av en körning. Och då är det i vår apparat som vi har här, som klassas som liten.
